یکی از مهمترین مدل های همکاری بین المللی دانشگاه ها، عقد قراردادهای مدرک دوگانه در دوره های دکتری است.

این دوره ها همچنین دوره های راهنمایی مشترک پایان نامه دکتری و دوره های ۲+۲ نامیده می شوند. به طور خلاصه، دو دانشگاه با شناختی که از سطح بالای آموزش، پژوهش و دانشجویان تحصیلات تکمیلی یکدیگر دارند اقدام به امضاء این دست قراردادهای بین المللی می کنند. در این دوره ها دانشجو با داشتن اساتید راهنما از هردو دانشگاه، نیمی از دوره را (که برای دانشجویان دکتری حداقل ۲ سال) در دانشگاه مبدأ و نیمی دیگر را در دانشگاه مقصد سپری می کند و در صورت برآورده کردن شرایط لازم، در انتها از هر دو دانشگاه فارغ التحصیل می گردد. این دوره ها فرصت مناسبی است تا تبادلات علمی با دانشگاههای معتبر در سطح دنیا گسترش یافته و ظرفیت های علمی دانشگاههای ایران شناخته شود و در عین حال دانشجویان بتوانند از نقاط قوت در هر دو دانشگاه استفاده نمایند.

دانشگاه Macquarie سیدنی استرالیا برنامه های تحصیلی دکتری مشترک (Cotutelle) را با هدف ارتباطات عمیق و پایدار با دانشگاه های بین المللی برگزار می کند. این دانشگاه تا کنون  با تعدادی از دانشگاه های ایران از جمله دانشگاه تهران،  دانشگاه علوم پزشکی تهران و دانشگاه صنعتی شریف در این برنامه مشترک همکاری داشته است و اکنون این امکان محقق شده است که این ارتباط با دانشگاه علوم پزشکی مشهد نیز برقرار شود. در این برنامه قرار است خانم فرزانه برومند دانشجوی دوره دکتری رشته آمارزیستی به عنوان اولین دانشجوی مشترک دو دانشگاه به راهنمایی دکتر محمدتقی شاکری از دانشگاه علوم پزشکی مشهد و راهنمایی دکتر حسن دوستی از دانشگاه Macquarie به تحقیقات خود را از ابتدای ماه جولای 2019 در دانشگاه Macquarie ادامه دهد. قابل ذکر است که این دانشجو موفق شده است تا بورسیه iMQRES  که شامل هزینه تحصیل، هزینه زندگی در استرالیا و یک بلیط رفت و برگشت مشهد-سیدنی است را از دانشگاه Macquarie دریافت کند.